RUMAH ZIS UGM berdiri pada tanggal 2 September 2008, dari lahirnya sebuah ide kesadaran civitas akademika UGM untuk mengakomodasi pentingnya zakat dalam syariat yang dijalankan oleh kaum muslimin dan muslimah di lingkungan UGM. Kehadiran lembaga diharapkan agar dapat mengoptimalkan peran UGM di masyarakat, khususnya dalam bidang sosial kemanusiaan. Pada tahun 2013, melalui keputusan Rektor UGM, RUMAH ZIS UGM kemudian dikembangkan menjadi salah satu lembaga kemasyarakatan UGM dan bergerak di bawah naungan Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat (LPPM) Universitas Gadjah Mada yang saat ini bernama Direktorat Pengabdian kepada Masyarakat (DPkM) Universitas Gadjah Mada.
Pada bulan Oktober tahun 2016, RUMAH ZIS UGM ditetapkan sebagai Unit Pengumpul Zakat oleh Badan Amil Zakat Nasional provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta (UPZ BAZNAS DIY) setelah diterbitkannya Peraturan Badan Amil Zakat Nasional (PERBAZNAS) nomor 2 tahun 2016. Ketua BAZNAS RI kala itu yaitu Prof. Dr. Bambang Sudibyo, M.B.A., Ak., CA. yang juga merupakan Guru Besar FEB UGM mengarahkan RUMAH ZIS UGM untuk menjadi pioneer UPZ Kampus dan percontohan bagi kampus lain di Indonesia. Hal tersebut kemudian menjadikan RUMAH ZIS UGM menjadi lembaga non-struktural di Universitas Gadjah Mada.
RUMAH ZIS UGM secara rutin mengumpulkan dan menghimpun dana zakat, infak, shodaqoh, wakaf (ZISWAF) dan menyalurkannya kepada pihak-pihak yang berhak menerima (terutama 8 golongan asnaf menurut Al Quran). Program penyaluran dana ZISWAF ke pihak-pihak yang berhak menerima difokuskan di sekitar wilayah Kampus UGM di Bulaksumur Yogyakarta. Kegiatan kemasyarakatan ini diintegrasikan dalam kegiatan sosial kemasyarakatan UGM di bawah Lembaga Penelitian dan Pengabdian Masyarakat (LPPM) dan dinamakan Program Inspiring Bulaksumur Urban Community (IBUC). Kegiatan ini langsung melibatkan mahasiswa dalam program kemasyarakatan.